消化器内科では、食道がん・胃がん・大腸がん・肝臓がん・膵臓がん・胆道がんなどすべての消化器がんの治療を行っています。近年は、従来の抗がん剤に加え、「免疫療法」や「がんゲノム医療」の発展が著しく、当院でも個々の患者さんに適した治療法を選択する「個別化医療」に積極的に取り組んでいます。また、京都初の陽子線治療センターや、「ハイパーサーミア」も稼働しており、これら様々ながん治療法を駆使した「がん集学的治療」を実践しています。当科におけるがん薬物療法は、専門的ながん薬物療法の知識と技術を持った「がん薬物療法専門医（日本臨床腫瘍学会）」を中心としたカンファレンスで治療方針を検討し、個々の患者さんに適した治療法を選択しています。現在、当科では６名のがん薬物療法専門医（石川、森口、吉田、土井、片岡、森田）が研究室の垣根を越えて協力して診療にあたっており、関連病院にも卒業生の専門医が多く在籍しています。
さらに、手術や放射線治療が適応となる場合には、消化器内科医・消化器外科医・放射線科医・がん専門薬剤師・看護師など多職種が出席する「消化器キャンサーボード」において治療方針を検討し、その結果を患者さんに説明しています。